Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	939397	939525	129	23 [0]	[0] 14	ycaJ	recombination protein

ATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCG  >  W3110S.gb/939335‑939396                                                              | aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGGCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:980856/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:334902/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:99911/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:941171/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:828994/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:756942/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:661035/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:641496/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:595516/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:407378/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:357224/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:351874/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1012709/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:305801/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:267834/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:244361/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:22976/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:187096/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1457253/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1267798/62‑1 (MQ=255) aTCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1157271/62‑1 (MQ=255)  tCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1328865/61‑1 (MQ=255)   ccACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCcggcg  <  1:1098132/60‑1 (MQ=255)                                                              | ATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCG  >  W3110S.gb/939335‑939396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑