Missing coverage evidence...
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CAGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGC  >  W3110S.gb/1454988‑1455049                                                              | caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:423300/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:995054/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:989388/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:935190/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:868354/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:803150/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:716072/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:712877/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:657434/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:647105/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:645951/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:613241/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:607726/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:582159/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:564398/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1040489/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:406902/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:106623/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1189443/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1225850/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1317295/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1376416/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1389192/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1395220/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:149329/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:206864/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:254022/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:310857/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:350705/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:416673/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGCAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:698779/62‑1 (MQ=255) caGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCCACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:702699/62‑1 (MQ=255)                          cTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGc  <  1:1417160/37‑1 (MQ=255)                                                              | CAGCGTATCGTCAGGCAGCTCCCGGCTACCGAGGCTGGCGTAAGTAAATAACGTCCCAATGC  >  W3110S.gb/1454988‑1455049

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑