Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1492521	1492578	58	57 [0]	[0] 10	gapC/cybB	ECK1409:JW5906+JW1413:b4493; glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase C/cytochrome b561

TTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGA  >  W3110S.gb/1492469‑1492520                                                    | ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:718438/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:291217/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:395941/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:4354/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:435799/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:437692/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:444295/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:48063/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:495664/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:573232/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:575548/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:576683/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:62685/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:629914/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:695027/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:2726/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:721998/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:744109/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:759580/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:761080/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:766351/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:771309/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:779120/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:783196/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:802483/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:80811/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:854402/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:894337/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:974492/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1288720/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1020644/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1030932/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:108378/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1084907/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1087140/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1134268/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1155618/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1162521/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1182671/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1224241/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1227920/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1238747/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1275590/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1016771/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:129003/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1321105/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1326774/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1391056/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1400840/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1410447/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1425473/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1465335/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:1472165/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:179737/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:254020/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:264320/1‑52 (MQ=255) ttCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGa  >  1:266410/1‑52 (MQ=255)                                                    | TTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGA  >  W3110S.gb/1492469‑1492520

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑