Missing coverage evidence...
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CTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTG  >  W3110S.gb/1541719‑1541779                                                             | cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:287592/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:92308/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:858977/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:812560/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:807349/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:782893/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:69282/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:630813/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:575898/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:513259/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:427440/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:406586/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:38875/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:37962/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1006049/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:275662/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:189152/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:153577/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:147152/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:142165/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1383989/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1378374/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1307519/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1283587/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1178156/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1090133/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1039337/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:1027202/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTAGGTTTCTTTg  >  1:621354/1‑61 (MQ=255) cTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACAACGTCGGTTTCTTTg  >  1:715483/1‑61 (MQ=255) atgtgAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTg  >  1:12308/2‑61 (MQ=255)                                                             | CTGTGAGAGCTCTGCCGGAGAGTCATGCAGTAGGGGTTGTAATACCACGTCGGTTTCTTTG  >  W3110S.gb/1541719‑1541779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑