Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1827183	1827236	54	32 [0]	[0] 47	spy	envelope stress induced periplasmic protein

ACGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTT  >  W3110S.gb/1827121‑1827182                                                              | aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1135160/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:885118/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:835041/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:706794/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:677148/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:676980/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:650953/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:598245/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:593477/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:552789/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:519675/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:479332/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:475390/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:438425/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:433428/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:405215/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:381545/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:38036/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:370412/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:356926/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:338720/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:310339/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1449949/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1437979/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1322766/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1214186/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1205634/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1163180/62‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1145713/62‑1 (MQ=255)   gCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1121021/60‑1 (MQ=255)                          aTCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:988285/37‑1 (MQ=255)                            ctgctgTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCtt  <  1:1361967/35‑1 (MQ=255)                                                              | ACGCTGGCCTTTCATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTT  >  W3110S.gb/1827121‑1827182

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑