Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2109012	2109034	23	65 [1]	[0] 40	wbbH	O‑antigen polymerase

ACATCAGCATCTCTTATCAAATTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGTTAC  >  W3110S.gb/2108954‑2109014                                                          |    aCATCAGCATCTCTTATCAAATTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGTTAc  <  1:1227859/61‑1 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTTGt     >  1:792855/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:590259/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:647623/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:638909/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:63627/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:611740/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:609228/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:600550/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:761473/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:575620/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:538433/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:532173/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:501291/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:49994/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:464524/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:453111/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:39060/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:672987/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:333189/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:77258/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:799892/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:809284/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:830894/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:837336/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:839925/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:886990/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:905/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:918176/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:918875/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:924168/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:936247/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:943296/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1381873/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1029027/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1033454/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1035221/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1079208/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:109089/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1094618/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1107174/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1199230/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1199281/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1233158/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1278679/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1313138/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1329700/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1007932/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:224056/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:331701/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:322133/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:321286/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:311441/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:309032/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:261206/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1400993/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:197853/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:161423/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1448/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1422969/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:1420216/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGt     >  1:141277/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGCTAGt     >  1:1080480/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGCTAGACCCGAACTGGTAGt     >  1:168801/1‑40 (MQ=255)                   aaaTTCATATAGCTAAGTAAGATAGTAACTAACTGGTAGt     >  1:89940/1‑40 (MQ=255)                                                          |    ACATCAGCATCTCTTATCAAATTCATATAGCTAAGTAAGCTAGTCCCGAACTGGTAGTTAC  >  W3110S.gb/2108954‑2109014

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑