Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2755473	2756124	652	47 [0]	[0] 93	[intA]	[intA]

GTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAT  >  W3110S.gb/2756125‑2756172 |                                                gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACTATAGGGCAAt  <  1:1328054/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:554144/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:669787/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:66611/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:666051/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:64914/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:635931/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:628289/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:613678/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:596661/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:584512/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:569432/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:691352/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:534847/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:497536/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:481445/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:480236/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:464987/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:436850/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:432841/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:422224/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:390554/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:382153/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:35248/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:833550/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:996918/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:993611/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:985915/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:956986/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:949079/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:915650/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:904799/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:888220/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:878071/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:856180/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:83621/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:684574/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:779518/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:771052/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:766528/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:762675/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:75785/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:756061/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:752496/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:704742/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:699868/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:341675/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1218943/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1374353/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1350637/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1345416/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1343998/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:133865/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1334513/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1324104/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1312010/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1268057/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1261728/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1251305/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1418545/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1212969/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1193332/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1178659/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1169075/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1106599/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1064478/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1058836/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:104476/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1035798/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1016618/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1419943/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:296534/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:285224/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:279688/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:256838/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:255108/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:25023/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:231282/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:223841/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:209166/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:205195/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:187146/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:166794/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1470521/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1461365/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1450352/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1444110/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1435062/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1433640/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1426963/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1424564/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAt  <  1:1010344/48‑1 (MQ=255) gTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGATAAGACATTAGGGCAAt  <  1:370767/48‑1 (MQ=255) |                                                GTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAAT  >  W3110S.gb/2756125‑2756172

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑