Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3285510	3285620	111	16 [0]	[0] 47	agaD	N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IID component of PTS

GCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGT  >  W3110S.gb/3285621‑3285666 |                                              gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:64234/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:41151/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:415922/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:432809/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:474518/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:480633/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:494192/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:534265/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:542568/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:5529/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:588619/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:590776/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:408153/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:677055/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:697279/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:70930/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:743788/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:787568/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:799565/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:854155/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:90176/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:90785/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:90996/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:938981/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1296666/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1048341/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1069583/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1095789/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1097302/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1122313/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1217592/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:122946/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1240298/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1265652/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1268847/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1273507/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1013346/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1393643/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1429698/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:1458415/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:161230/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:261631/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:302854/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:338062/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:376243/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:379227/46‑1 (MQ=255) gCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGt  <  1:39938/46‑1 (MQ=255) |                                              GCACTGTTTGGCCCAATCGCCGGGATTGGCGATGCGATTTTCTGGT  >  W3110S.gb/3285621‑3285666

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑