Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3502038	3502646	609	51 [0]	[0] 45	katG	catalase/hydroperoxidase HPI(I)

CTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGT  >  W3110S.gb/3502647‑3502707 |                                                             cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCATTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1099242/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGCACGAtt             >  1:371642/1‑50 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGaa         >  1:1258389/1‑54 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTgg   >  1:533700/1‑60 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:727961/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:487873/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:492219/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:498808/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:505378/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:515875/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:535626/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:59537/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:62249/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:638022/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:422652/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:783241/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:820601/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:832339/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:850193/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:851596/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:853464/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:898783/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:985003/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:987517/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1439389/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1096373/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1148904/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1155394/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1210530/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1260572/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:128670/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1293712/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:134620/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1358720/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1408632/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:436253/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:148797/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:275473/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:29342/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:322063/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:368077/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:390994/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:420973/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:1033633/1‑61 (MQ=255) cTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGt  >  1:427812/1‑61 (MQ=255) |                                                             CTGAATTCTTTGCGGTAGTCAAAGTCCTCACCCAGTGGGTTAGAACGATTAGAATGTTGGT  >  W3110S.gb/3502647‑3502707

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑