Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3639514	3639672	159	45 [0]	[0] 39	xerC	site‑specific tyrosine recombinase

TTATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTTTCTG  >  W3110S.gb/3639673‑3639734 |                                                              ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGttt                             >  1:1372556/1‑35 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTa                           >  1:423731/1‑37 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGccc                      >  1:377152/1‑42 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTctct   >  1:1180011/1‑61 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:732042/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:434621/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:4744/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:509845/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:512700/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:514393/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:561400/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:613830/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:314139/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:789375/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:829486/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:832617/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:844332/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:849416/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:9313/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:941612/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:954262/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:997762/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:129400/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1164000/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1200303/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1210931/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:123461/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1238424/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1240596/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1251570/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1270336/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1099352/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1296100/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1321311/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1386837/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1389892/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:1442221/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:168666/1‑62 (MQ=255) ttATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTCTCTg  >  1:181896/1‑62 (MQ=255) |                                                              TTATGCGGATGAACGTGATTATTCAGCCCTTGTTTTATGCCCCATTCGGCAAAGCGTTTCTG  >  W3110S.gb/3639673‑3639734

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑