Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3874351	3874428	78	28 [0]	[0] 31	rhsA	rhsA element core protein RshA

GCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAC  >  W3110S.gb/3874429‑3874490 |                                                              gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:824411/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:632937/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:156717/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:573074/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:549134/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:538639/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGaaaaa   >  1:499274/1‑61 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1188361/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:850038/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:702192/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:696595/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:645809/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:536144/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:516716/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:45042/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:387120/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:362689/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:360052/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:344105/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:308710/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:307059/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:284822/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:262942/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:242233/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1454803/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1449994/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1389295/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1280812/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1230596/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:1110628/1‑62 (MQ=255) gcttgctGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGAGAATGGTCTAGGAAAAAc  >  1:963902/1‑62 (MQ=255) |                                                              GCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTGGCAAGGGGAATGGTCTAGGAAAAAC  >  W3110S.gb/3874429‑3874490

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑