Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3955468	3955490	23	146 [0]	[0] 38	yhjK	predicted diguanylate cyclase

GCAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGA  >  W3110S.gb/3955491‑3955552 |                                                              gcAGCGCCATTATGAAGAACATAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:843926/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGGGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:536720/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:696655/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:559394/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:582237/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:588139/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:612940/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:633106/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:653052/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:663011/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:677177/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:555803/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:711298/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:727807/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:766686/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:788234/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:80281/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:860614/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:945023/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:972384/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:284033/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1149273/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1170842/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:119613/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1242911/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1430356/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1457797/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:187737/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:200889/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:1138228/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:289139/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:299365/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:368596/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:400974/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:471277/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:47161/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:505388/62‑1 (MQ=255) gcAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGa  <  1:520032/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCAGCGCCATTATGAAGAACAGAACGAAAATGCGATGCGCTTCCCGGTGTCGGATTTGCCGA  >  W3110S.gb/3955491‑3955552

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑