Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4080867	4081067	201	49 [0]	[0] 43	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

TAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGC  >  W3110S.gb/4081068‑4081129 |                                                              tAGACCCGTCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:995729/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:576014/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:316072/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:454495/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:46127/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:47276/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:487281/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:503387/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:549965/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:551672/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:559257/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:574897/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:314782/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:638864/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:667621/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:716927/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:851651/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:880735/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:88815/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:968446/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:997675/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:999437/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1256048/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1014637/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1053203/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1055199/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1062989/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1104505/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:11992/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1199330/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1203971/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:121669/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1244449/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1008405/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1359811/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:1374128/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:222752/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:227150/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:227979/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:251235/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:255487/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:256483/62‑1 (MQ=255) tAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGc  <  1:28425/62‑1 (MQ=255) |                                                              TAGACCCGGCAGGGTGAAGGTCCAGAGATTGATCCGCGCGTACAGATCTTCGCGAAATTTGC  >  W3110S.gb/4081068‑4081129

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑