Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4546598	4546606	9	6 [0]	[0] 15	fimB/fimE	tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

AGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGA  >  W3110S.gb/4546607‑4546666 |                                                            aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:1003405/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:1214068/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:1255688/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:158192/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:279538/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:411999/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:4168/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:431144/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:449955/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:475667/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:572279/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:668981/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:795274/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:81807/60‑1 (MQ=255) aGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGa  <  1:84462/60‑1 (MQ=255) |                                                            AGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGA  >  W3110S.gb/4546607‑4546666

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑