Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	258348	258642	295	25 [0]	[0] 41	phoE	outer membrane phosphoporin protein E

CACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTT  >  W3110S.gb/258643‑258697 |                                                       cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAttt  <  1:17119/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:624163/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:290425/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:309064/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:310122/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:320574/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:447368/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:454312/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:508969/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:523896/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:572569/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:208815/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:729551/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:75719/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:761579/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:842632/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:853227/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:86725/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:910849/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:933134/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:986125/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1182826/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1018386/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:102291/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1094459/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1095316/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1109640/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1124221/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1125451/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1155058/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1158760/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:213377/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:123521/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:125871/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1263380/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1342813/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1397189/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1444879/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1469046/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1002009/55‑1 (MQ=255) cACGCTTGCCTGTGCCACGGATTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGtt  <  1:1423447/55‑1 (MQ=255) |                                                       CACGCTTGCCTGTGCCACGGCTTTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTT  >  W3110S.gb/258643‑258697

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑