Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	523269	523292	24	14 [0]	[0] 48	rhsD	rhsD element protein

CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG  >  W3110S.gb/523293‑523352 |                                                            cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:672035/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:384635/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:431629/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:462151/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:470824/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:499170/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:587138/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:639625/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:658376/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:662921/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:665188/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:668140/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:330381/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:736195/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:740789/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:804150/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:811485/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:836755/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:909204/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:909950/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:925764/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:942103/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:963115/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:988313/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1351988/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1010509/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1039767/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:107728/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1078064/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1107837/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1138957/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1222785/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:126669/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1272167/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1305598/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1332823/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1006658/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1356302/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1370027/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1433906/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1433977/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1434029/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:157809/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:160656/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:1613/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:185882/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:290574/60‑1 (MQ=255) cccGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCg  <  1:321822/60‑1 (MQ=255) |                                                            CCCGCCCTCTCTCAGCCTCAGCGTTCCCCGACACACTGCCCGGTACCGAATACGGCCCCG  >  W3110S.gb/523293‑523352

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑