Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	564419	564423	5	46 [0]	[0] 26	intD	predicted integrase

GCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCT  >  W3110S.gb/564424‑564485 |                                                              gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATg                       >  1:975657/1‑41 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:326199/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:937892/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:888685/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:848812/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:817060/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:621749/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:559430/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:547531/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:407790/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:36917/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1012318/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:233945/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:213041/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:193478/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:146308/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1426677/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1295604/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1261631/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1077025/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1065691/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctct  >  1:1047404/1‑62 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctc   >  1:358036/1‑61 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctc   >  1:407140/1‑61 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctc   >  1:1272741/1‑61 (MQ=255) gCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGctctc   >  1:1120356/1‑61 (MQ=255) |                                                              GCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCT  >  W3110S.gb/564424‑564485

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑