Missing coverage evidence...
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*	*	÷	W3110S.gb	938861	939213	353	4 [0]	[0] 48	ycaJ	recombination protein

CGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGG  >  W3110S.gb/939214‑939269 |                                                        cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATgc                    >  1:1340567/1‑38 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:487408/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:266845/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:290162/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:304369/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:340414/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:367517/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:374382/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:379376/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:423774/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:440448/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:463863/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:464551/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:48198/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:20675/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:519382/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:562607/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:637080/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:741065/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:764318/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:782374/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:820947/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:931232/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:938900/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:948332/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1361789/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1041794/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:106168/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1115318/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1164569/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1172098/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1196994/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1227621/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:12379/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1281191/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1298734/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1347896/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1029086/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1383335/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1397988/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1400803/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1433649/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1437804/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:14403/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:1452759/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:150530/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:162755/1‑56 (MQ=255) cGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTCTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCcgg  >  1:206001/1‑56 (MQ=255) |                                                        CGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGG  >  W3110S.gb/939214‑939269

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑