Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1131415	1131468	54	23 [0]	[0] 24	flgM	anti‑sigma factor for FliA (sigma 28)

GGTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGA  >  W3110S.gb/1131469‑1131529 |                                                             ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1457562/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:998916/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:914257/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:912345/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:804384/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:61069/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:567334/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:444510/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:340285/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:291055/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:246740/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:239536/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1039310/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1440939/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1425689/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1416312/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1249674/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1246273/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1239873/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1223711/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1140477/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:111613/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:109437/61‑1 (MQ=255) ggTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGa  <  1:1089053/61‑1 (MQ=255) |                                                             GGTGTCCATTTTTAGTTCACCGTTACGAATCGCCAGTTTTAACGCTTCGACACGTTCAAGA  >  W3110S.gb/1131469‑1131529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑