Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1131728	1131739	12	60 [0]	[0] 12	flgM/flgA	anti‑sigma factor for FliA (sigma 28)/assembly protein for flagellar basal‑body periplasmic P ring

GTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATT  >  W3110S.gb/1131740‑1131801 |                                                              gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCttt                             >  1:331235/1‑35 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTa                    >  1:871040/1‑44 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAatat   >  1:1288855/1‑61 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:1123505/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:123136/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:1416271/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:207728/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:417866/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:418720/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:809879/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:874939/1‑62 (MQ=255) gtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATAtt  >  1:998556/1‑62 (MQ=255) |                                                              GTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATT  >  W3110S.gb/1131740‑1131801

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑