Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1135023	1135250	228	13 [0]	[0] 24	flgE	flagellar hook protein

CAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGACC  >  W3110S.gb/1135251‑1135311 |                                                             cAGTAAAGCACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTACCGCCCAGAcc  >  1:772840/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAAc                       >  1:101166/1‑40 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATc                   >  1:506726/1‑44 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGc         >  1:221732/1‑54 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:188128/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:871129/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:79914/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:785518/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:714842/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:567408/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:382620/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:280536/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:179849/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:174131/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1426341/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1308055/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1248238/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:121830/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1148176/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1131108/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:1128670/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAcc  >  1:103614/1‑61 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAc   >  1:1409443/1‑60 (MQ=255) cAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGAc   >  1:483511/1‑60 (MQ=255) |                                                             CAGTAAAGAACTGGTCAATATGATCGTTGCCCAGCGTAACTATCAGTCTAACGCCCAGACC  >  W3110S.gb/1135251‑1135311

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑