Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1189075	1189489	415	23 [0]	[0] 40	ycfD	conserved hypothetical protein

CATCAATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAT  >  W3110S.gb/1189490‑1189549 |                                                            catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACTGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:765906/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCTCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:905473/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:792792/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:479522/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:583894/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:624098/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:646033/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:688464/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:713345/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:743339/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:776128/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:440236/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:805186/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:822470/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:824294/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:856750/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:900435/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:905567/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:975041/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:999638/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:330030/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:106160/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1100917/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1118449/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1128625/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1141523/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1157700/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1163391/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1178007/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1187172/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1203153/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1269596/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1319680/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1381154/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1454740/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:169721/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:227127/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:26260/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAt  >  1:1041906/1‑60 (MQ=255) catcaATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCCCCGCGGTCGGCTCAt  >  1:1061340/1‑60 (MQ=255) |                                                            CATCAATACGCCAGTCCGGTAGTTCACGGAACGGTCGCATCAGCGCGGCGGTCGGCTCAT  >  W3110S.gb/1189490‑1189549

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑