Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1193750	1193818	69	10 [0]	[0] 26	hflD	predicted lysogenization regulator

CAGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGTT  >  W3110S.gb/1193819‑1193878 |                                                            caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:479308/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:919257/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:894344/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:890501/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:856196/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:828538/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:782814/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:768230/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:720017/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:64931/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:62097/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:536095/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:511979/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:1058746/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:465566/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:449845/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:383304/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:37968/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:367910/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:319794/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:242442/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:199378/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:175567/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:1401680/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:1302615/60‑1 (MQ=255) caGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGtt  <  1:1206615/60‑1 (MQ=255) |                                                            CAGCGTTTCGGACTGTAAATCGAAGTGTTCGAGCTGGCGTTGCAGGCCGTTGATCCGGTT  >  W3110S.gb/1193819‑1193878

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑