Missing coverage evidence...
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GCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAA  >  W3110S.gb/1589538‑1589598  |                                                            accTCGATCGTTCCCTTGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1450285/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:350497/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:908472/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:777201/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:743034/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:722314/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:674430/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:614379/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:612244/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:574145/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:50058/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:455971/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:439728/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:437247/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:4263/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:361816/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1011803/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:284938/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:26021/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1451681/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1446800/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1408696/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1401934/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1276363/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:125336/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1251199/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1210539/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1161670/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1062320/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:1025692/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaa  <  1:101368/60‑1 (MQ=255) accTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTCCCTTAAGTGGaa  <  1:831241/60‑1 (MQ=255)  |                                                            GCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAA  >  W3110S.gb/1589538‑1589598

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑