Missing coverage evidence...
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*	*	÷	W3110S.gb	2005621	2005670	50	40 [0]	[0] 56	fliC	flagellar filament structural protein

GCGCAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTGG  >  W3110S.gb/2005671‑2005724 |                                                      gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGAt                   >  1:939490/1‑37 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGc        >  1:789323/1‑48 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:806760/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:381098/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:41900/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:42885/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:509481/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:522546/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:53789/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:584264/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:675945/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:711186/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:711929/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:752325/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:754778/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:353811/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:822979/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:836519/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:839913/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:840728/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:844334/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:8524/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:888165/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:900122/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:931812/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:94875/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:959385/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:988755/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:139406/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1047113/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1053123/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1172931/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1188523/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1238527/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1250173/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1258394/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1278474/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1289367/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1303276/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1307309/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1317687/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1038217/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1413202/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1430087/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1447164/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1451614/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:160140/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:163275/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:180488/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:187391/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:225265/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:23445/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:257808/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:270219/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:326347/1‑54 (MQ=255) gcgcAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTAGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTgg  >  1:1328528/1‑54 (MQ=255) |                                                      GCGCAGACTGGTTCTTGTTGATATTATTTTGAGTGATCAGCGAGAGGCTGTTGG  >  W3110S.gb/2005671‑2005724

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑