Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,843,9320AG72.4% 224.9 / 89.2 174F169F (TTT→TTC) rfaCADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (48/0);  new base G (126/0);  total (174/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.60e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 174 total aligned reads displayed.

TAGGCAGGTTCGTCAGAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACTTTT  >  W3110S.gb/3843916‑3843991
                |                                                           
tAGGCAGGTTCGTCTGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:693778/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCAt                                          >  1:1413605/1‑36 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGccc                                  >  1:8157/1‑44 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:569936/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:622851/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:556881/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:550359/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:547305/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:543998/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:533558/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:529306/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:505313/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:473060/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:463209/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:462402/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:417751/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:405772/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:398818/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:391685/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:373825/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:35073/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:329502/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:297817/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:824300/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:98223/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:968322/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:962243/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:937349/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:915628/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:896292/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:895000/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:847328/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:825872/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:595896/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:767118/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:765464/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:741890/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:716225/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:714002/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:67818/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:667640/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:644614/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1010066/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1407668/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1307884/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1245649/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1241485/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1211819/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1187985/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1138375/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1127924/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1107828/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1383140/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1060005/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1438025/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1036502/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1025210/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1002245/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:1469256/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:177742/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:189003/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:203247/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:203694/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:213888/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:249843/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:255353/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttg                   >  1:1336210/1‑59 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttg                   >  1:1321709/1‑59 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCGATAGCATAATCACCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:626811/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAATGCTGTGCCATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:993867/1‑60 (MQ=255)
tAGGCAGGTTCGTCAGGAAAAGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGggtttgtggtttgc                  >  1:632522/1‑60 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGc            >  1:128973/1‑51 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:788531/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1218484/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:796081/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1328608/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:552363/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1130072/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1371329/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1377445/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1083673/1‑61 (MQ=255)
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               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1450598/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1463447/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:429205/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:132006/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:622735/1‑61 (MQ=255)
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               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1236849/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:723743/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:597460/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:601768/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1268944/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:1287029/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:658393/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:648742/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:270061/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACtttt  >  1:612983/1‑61 (MQ=255)
               gAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACttt   >  1:1261549/1‑60 (MQ=255)
                |                                                           
TAGGCAGGTTCGTCAGAAAATGCTGTGCGATAGCATAATCGCCCTGGGTTTGCGGTTTGCTATAGCCCAAACTTTT  >  W3110S.gb/3843916‑3843991

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑