| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,269,458 | 0 | A | C | 73.3% | 93.6 / 41.3 | 75 | M29L (ATG→CTG) | alr | alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/0); new base C (0/55); total (20/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCTTATGGTCAC > W3110S.gb/4269405‑4269493 | gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:972383/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:224540/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:198934/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:805797/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:819085/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1452737/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:852162/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1427061/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1415404/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:859699/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:138217/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1375757/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1355127/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1091553/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:907404/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1096014/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:965420/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:1145644/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTAGCg > 1:649776/1‑62 (MQ=255)gcgcTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCACTGCCAGTAAAATGGTTGCg > 1:332954/1‑62 (MQ=255) ccAGTAAACTGGTTGTGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1312349/44‑1 (MQ=21) ccAGTAAACTGGTTGCTGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:180649/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTGAc < 1:1319788/44‑1 (MQ=21) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:641434/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:389316/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:636812/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:529996/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:654863/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:539253/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:59202/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:629487/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:511814/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:656984/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:659446/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:732951/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:735528/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:779813/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:802460/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:822828/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:85893/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:888591/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:891557/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:892573/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:896826/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:915449/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:168058/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1078266/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1105297/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1162594/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1231788/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1254532/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:128066/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1303142/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1345776/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1407935/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1430121/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1433362/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1441503/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1457052/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1469844/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:50414/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:171972/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:215239/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:246408/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:269718/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:354313/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:1058339/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:390462/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:403657/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:411296/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:438663/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:470914/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:482498/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc < 1:48729/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGGCAc < 1:249447/44‑1 (MQ=18) | GCGCTCTGCGACACAACCTGCAACGTCTTCGTGAACTGGCCCCTGCCAGTAAAATGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCTTATGGTCAC > W3110S.gb/4269405‑4269493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |