| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,305,698 | 0 | C | T | 72.4% | 236.6 / 101.5 | 192 | A288T (GCT→ACT) | yjcQ | predicted multidrug efflux system component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/53); new base T (0/139); total (0/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGA > W3110S.gb/4305666‑4305745 | ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGTCCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGTTTTCt < 1:190450/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTTCAGCTTGTTGATTTCt < 1:52797/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:38010/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:506309/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:472667/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:458044/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:45426/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:441566/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:427749/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:400174/61‑1 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gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:142531/62‑1 (MQ=255) ccTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:207512/36‑1 (MQ=16) | CCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGA > W3110S.gb/4305666‑4305745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |