| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,305,704 | 0 | C | A | 72.4% | 263.2 / 137.0 | 192 | A286S (GCC→TCC) | yjcQ | predicted multidrug efflux system component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/53); new base A (0/139); total (0/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAA > W3110S.gb/4305666‑4305765 | ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGTCCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGTTTTCt < 1:190450/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:243954/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:347177/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:317895/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:299248/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:766247/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:27632/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:1005523/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:795296/61‑1 (MQ=255)ccGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:810674/61‑1 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gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:289820/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:354245/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:369491/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:531903/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:562377/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:1053756/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:564289/62‑1 (MQ=255) gCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:1028558/62‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGa < 1:378361/57‑1 (MQ=255) ccTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:207512/36‑1 (MQ=16) ccTTCGGTAATGGAATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt < 1:723663/36‑1 (MQ=16) cATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGaa < 1:1114882/62‑1 (MQ=255) cATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGaa < 1:674775/62‑1 (MQ=255) | CCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAA > W3110S.gb/4305666‑4305765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |