Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,142	C→T	C114C (TGC→TGT)	thrB →	homoserine kinase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,142	0	C	T	100.0%	265.6 / NA	96	C114C (TGC→TGT)	thrB	homoserine kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (96/0);  total (96/0)

GAACACTGCGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCT  >  W3110S.gb/3134‑3175         |                                  gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGAGACTCGTTTGCTGGCt  >  1:782623/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTgg    >  1:121191/1‑40 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGc   >  1:1279550/1‑41 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:532964/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:650793/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:644878/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:631430/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:629642/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:610503/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:596624/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:580178/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:573327/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:545450/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:669007/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:531108/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:517154/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:495095/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:485631/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:471049/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:462553/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:462110/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:460773/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:438903/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:417711/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:393939/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:378150/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:864834/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:994548/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:989819/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:983420/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:969166/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:96801/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:949790/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:945231/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:926471/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:905168/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:895964/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:893184/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:659680/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:853318/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:843062/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:80145/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:800840/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:725443/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:680812/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:67871/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:67070/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:372549/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:666252/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1209009/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1396396/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1377333/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1367872/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1363749/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:129918/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1275229/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1274905/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1243589/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1238708/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1221/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1211349/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1429300/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1193079/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1191911/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1183571/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1175652/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1170597/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1137541/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1135956/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1117683/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:106319/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:104674/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1023340/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:235181/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:357702/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:352996/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:321517/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:313230/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:304404/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:294611/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:289093/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:269102/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:25409/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1017732/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:220973/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:180986/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:172651/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:162953/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:160598/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1466560/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1450864/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1441104/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1437539/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:1432626/1‑42 (MQ=255) gaaCACTGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTCGCt  >  1:355973/1‑42 (MQ=38) gaaCACGGTGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCt  >  1:484939/1‑42 (MQ=255)         |                                  GAACACTGCGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCT  >  W3110S.gb/3134‑3175

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑