Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,055,413	A→G	D396D (GAT→GAC)	torS ←	hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,055,413	0	A	G	100.0%	111.4 / NA	40	D396D (GAT→GAC)	torS	hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (40/0);  total (40/0)

CTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCG  >  W3110S.gb/1055402‑1055462            |                                                  ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGt                  >  1:861171/1‑45 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:811972/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1038624/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:553431/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:58614/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:602077/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:605103/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:692881/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:703180/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:754558/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:790436/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:549388/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:814004/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:856640/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:887209/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:894368/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:907116/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:909421/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:96652/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:187931/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:105984/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1067479/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1087725/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:110117/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1172321/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1213948/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1419897/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:143208/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:1469561/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:170858/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:452688/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:227582/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:24513/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:407745/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:425340/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:429583/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:438769/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGATTCCg  >  1:675375/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCAGTACGCCAGCGGTTTCCg  >  1:26241/1‑61 (MQ=255) ctgcGAAACGCGTCCATCAGACGCCCGATGGTATCCa                          >  1:710910/1‑37 (MQ=37)            |                                                  CTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCG  >  W3110S.gb/1055402‑1055462

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑