Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,110,387	T→C	S44P (TCA→CCG)	mdoC ←	membrane protein required for modification of periplasmic glucan

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,110,387	0	T	C	100.0%	134.5 / NA	48	S44P (TCA→CCG)	mdoC	membrane protein required for modification of periplasmic glucan
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/48);  total (0/48)

CCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCG  >  W3110S.gb/1110335‑1110396                                                     |          ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:631664/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:364280/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:402078/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:407453/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:409209/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:409904/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:498007/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:498944/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:563275/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:576354/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:58385/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:609099/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:392057/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:64759/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:678281/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:741003/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:749296/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:823960/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:884454/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:909825/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:915918/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:941610/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:998016/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1449872/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1065525/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1135586/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1141504/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1181977/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1209611/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:123163/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1244151/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1247250/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:129240/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1363433/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1439599/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:280022/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:162286/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:164802/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:169802/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:173391/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:182667/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:244145/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:24680/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:276049/62‑1 (MQ=255) ccTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGGCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:639725/62‑1 (MQ=255)  cTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:59630/61‑1 (MQ=255)    gCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:196360/59‑1 (MQ=255)         cGGAACGAGTTGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGACGGTTCGgcg  <  1:1017543/54‑1 (MQ=255)                                                     |          CCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCG  >  W3110S.gb/1110335‑1110396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑