Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,261,172	C→T	A403S (GCG→TCA)	ychM ←	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,261,172	0	C	T	85.0%	111.2 / 9.5	60	A403S (GCG→TCA)	ychM	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (9/0);  new base T (51/0);  total (60/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCA  >  W3110S.gb/1261137‑1261208                                    |                                     aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATg                                 >  1:118570/1‑41 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATg                                 >  1:847607/1‑41 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATg                                 >  1:61559/1‑41 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:721668/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:378889/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:385279/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:385418/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:394917/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:400067/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:405050/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:430940/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:539168/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:610349/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:625777/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:639850/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:707480/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1161676/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:725091/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:731748/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:734496/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:735049/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:74097/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:75647/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:757132/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:76235/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:795950/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:881063/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:912669/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:33368/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1208634/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1217988/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1227269/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1243986/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1266168/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:127038/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1298319/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:131867/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1328954/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1329951/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1345556/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1349741/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1364517/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1416179/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:1417105/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:145060/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:187614/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:196923/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:235664/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:270940/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:272698/1‑42 (MQ=38) aTGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGTGAATGa                                >  1:289065/1‑42 (MQ=38)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGTCTCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCa  >  1:35920/1‑62 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGCCCACTTTGTGCGCTTc   >  1:287938/1‑61 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGCCCACTTTGTGCGCTTCa  >  1:803505/1‑62 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCAc               >  1:491245/1‑49 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTcc  >  1:114547/1‑61 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTc   >  1:169210/1‑61 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCa  >  1:919424/1‑62 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCa  >  1:625412/1‑62 (MQ=255)           gcaTGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCa  >  1:700974/1‑62 (MQ=255)                                    |                                     ATGCACAGCAGCATGACGATGATGTCATCTTTCGGCGCATGACGCAGCAAGTCGACCACTTTGTGCGCTTCA  >  W3110S.gb/1261137‑1261208

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑