Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,290,447	G→C	A88G (GCC→GGC)	ychJ ←	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,290,447	0	G	C	100.0%	166.8 / NA	59	A88G (GCC→GGC)	ychJ	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (0/59);  total (0/59)

TAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGTCGGCGTCCTGCCAACAATGTTCAAAT  >  W3110S.gb/1290409‑1290470                                       |                        tAATTCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:676736/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCTCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:711052/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:70920/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1006716/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:410292/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:450872/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:497200/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:531616/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:536203/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:549856/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:553807/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:564079/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:596794/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:617877/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:632332/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:63611/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:385712/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:759842/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:768183/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:773714/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:84296/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:895681/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:909213/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:928543/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:943721/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:944502/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:945151/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:949826/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:975329/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:362082/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1021597/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:10416/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1050258/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1160379/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1167638/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1180419/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1226967/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1290956/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1313452/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1328397/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1415495/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1418725/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1427272/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1430422/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1444594/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1460172/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:174960/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:179473/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:216620/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:225986/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:287872/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:309786/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:314803/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:316237/62‑1 (MQ=255) tAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:377412/62‑1 (MQ=255)  aaaTCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:705392/61‑1 (MQ=255)  aaaTCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:1292160/61‑1 (MQ=255)   aaTCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:470103/60‑1 (MQ=255)             caaAACTGACAAATCCGATATTGCCGCCGTCCTGCCAGCAATGTTCAAAt  <  1:266391/50‑1 (MQ=255)                                       |                        TAAATCGAGCAACAAAACTGACAAATCCGATATTGTCGGCGTCCTGCCAACAATGTTCAAAT  >  W3110S.gb/1290409‑1290470

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑