Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,594,175	G→A	intergenic (‑19/+204)	hipB ← / ← ydeU	DNA‑binding transcriptional regulator/ECK1502:JW1502:b1509; conserved hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,594,175	0	G	A	100.0%	131.8 / NA	49	intergenic (‑19/+204)	hipB/ydeU	DNA‑binding transcriptional regulator/ECK1502:JW1502:b1509; conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/49);  total (0/49)

TGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAGTTTATCCGCTTAA  >  W3110S.gb/1594127‑1594188                                                 |              tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:534162/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1463673/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:163018/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1009486/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:206149/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:210220/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:255140/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:300019/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:430209/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:456696/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:476188/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:171055/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:610499/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:67869/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:690400/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:857344/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:875553/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:886708/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:900126/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:90361/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:95341/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:964784/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1009537/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1029334/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1035374/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1325332/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1300575/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1056915/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1268486/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1062391/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1067904/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1460350/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1075565/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1136893/62‑1 (MQ=255) tGGGCTATAGATCATCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1264146/62‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1251438/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:933984/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:906904/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:571630/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:514989/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1341203/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1406308/61‑1 (MQ=255)  gggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCAAAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:430481/61‑1 (MQ=255)   ggCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1088522/60‑1 (MQ=255)      tataGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1342088/57‑1 (MQ=255)      tataGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1013135/57‑1 (MQ=255)              ttctGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:481141/49‑1 (MQ=255)                   aaaGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCTTaa  <  1:1400777/44‑1 (MQ=255)                     aGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAATTTATCCGCGTaa  <  1:1441362/42‑1 (MQ=255)                                                 |              TGGGCTATAGATCTTCTGAAAGCTCATCATGTCATACGTCCACAGCAAGTTTATCCGCTTAA  >  W3110S.gb/1594127‑1594188

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑