Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,685,927	G→C	intergenic (+30/‑46)	rstB → / → tus	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA/inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,685,927	0	G	C	76.2%	143.6 / 41.4	80	intergenic (+30/‑46)	rstB/tus	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA/inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/19);  new base C (61/0);  total (61/19)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-19
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAG  >  W3110S.gb/1685890‑1685961                                      |                                   ctcccTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:902002/4‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACGACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:513552/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGc                             >  1:541836/1‑45 (MQ=37) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:374508/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:617536/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:606749/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:595957/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:545917/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:494526/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:389726/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:651093/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:374422/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:33825/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:319952/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:294057/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:287374/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:279050/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:246530/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:791621/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:968418/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:94485/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:927742/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:927478/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:886335/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:842301/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:831179/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:80691/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:624888/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:791387/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:745152/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:738099/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:698298/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:692934/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:677947/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:288131/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1363819/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1023132/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1045370/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1081379/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1157613/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1186491/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1243234/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1275424/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1287941/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1299692/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:133216/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1345073/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:21603/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1369227/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1401072/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1401660/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1423349/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:164055/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:15766/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:152467/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:1450194/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtgt             >  1:214024/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTATAAAATAAGGAtg              >  1:101850/1‑60 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCTAT‑AAATAAGGAtgtt            >  1:550632/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACTGTGCAATAAAATAAGGAtgt             >  1:1134336/1‑61 (MQ=255) ctGCCTGACACTATGCGCACGGTGGTCAAGTCACCACCACAGTGCTATAAAATAAGGAtg              >  1:75601/1‑60 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:387428/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:387040/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1394961/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1326180/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:346752/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1297084/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:891661/62‑1 (MQ=255)           cTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1170540/62‑1 (MQ=255)            tACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:161043/61‑1 (MQ=255)            tACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:162289/61‑1 (MQ=255)            tACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:142326/61‑1 (MQ=255)              cgcgCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:204556/59‑1 (MQ=255)                        ggTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:114015/49‑1 (MQ=255)                         gTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:618947/48‑1 (MQ=255)                               tCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:218688/42‑1 (MQ=255)                                caccacGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1225524/41‑1 (MQ=255)                                 accacGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1273375/40‑1 (MQ=255)                                   cacGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:1435916/38‑1 (MQ=255)                                    acGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg  <  1:861318/37‑1 (MQ=255)                                      |                                   CTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAG  >  W3110S.gb/1685890‑1685961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑