Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,775,674	G→T	A58S (GCC→TCC)	ydiB →	quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,775,674	0	G	T	100.0%	123.5 / NA	46	A58S (GCC→TCC)	ydiB	quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (46/0);  total (46/0)

ATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCG  >  W3110S.gb/1775642‑1775703                                 |                              ttAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:172970/2‑62 (MQ=255) aTAGCTTTGCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATg                    >  1:111240/1‑44 (MQ=38) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCaaa                       >  1:478644/1‑41 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATc   >  1:459404/1‑61 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATc   >  1:205331/1‑61 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:654497/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:408317/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:473044/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:482431/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:484815/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:547754/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:550552/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:609243/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:625693/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:365828/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:67270/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:725846/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:771383/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:782148/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:787626/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:846073/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:872698/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:87735/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:933350/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:942830/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1278974/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1062677/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1070478/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1121969/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1131281/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:114049/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1149353/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1151148/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:115615/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1197779/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1272547/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:373879/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1336784/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1402751/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:14160/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:172316/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:180685/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:259041/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:274068/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCg  >  1:1022830/1‑62 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAATCCCACAAAATGCGCGGAACTGGTGAATCg  >  1:318675/1‑62 (MQ=38)                                 |                              ATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCG  >  W3110S.gb/1775642‑1775703

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑