Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,834,624	C→T	I161I (ATC→ATT)	xthA →	exonuclease III

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,834,624	0	C	T	100.0%	221.7 / NA	96	I161I (ATC→ATT)	xthA	exonuclease III
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (96/0);  total (96/0)

ATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAA  >  W3110S.gb/1834586‑1834636                                       |             aTGGGCGTTATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:623080/1‑51 (MQ=16) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGCCCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1269916/1‑51 (MQ=16) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGTATATTGGCATTGGCgaa  >  1:150983/1‑51 (MQ=16) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGc           >  1:1344749/1‑42 (MQ=12) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCAtt        >  1:1137727/1‑45 (MQ=16) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgga  >  1:1194271/1‑49 (MQ=16) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:57804/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:677796/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:662251/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:652006/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:606295/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:598771/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:594616/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:581603/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:581440/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:705431/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:575326/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:575320/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:502941/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:496207/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:495904/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:481535/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:467581/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:464492/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:455616/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:443617/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:442059/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:848149/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:998394/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:992158/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:957718/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:938268/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:934829/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:925359/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:908269/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:906935/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:894783/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:884508/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:865517/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:682691/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:837912/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:809135/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:793865/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:792647/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:78248/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:760250/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:734305/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:727727/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:719233/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:367771/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:69428/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1161532/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:128390/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:128093/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1279775/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1271539/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1253475/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1244999/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1189449/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1183562/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1171132/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1164120/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1309110/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1157296/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1144692/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1129059/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1121059/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1103618/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1079109/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1050802/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1042820/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1041857/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1019984/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:16908/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:384256/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1007791/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:340497/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:319355/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:309822/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:282559/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:279737/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:247690/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:22183/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:200208/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:187041/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:415168/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1464841/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:142272/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1409488/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1408775/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1382604/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1348703/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1341061/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:133167/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATCAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1326359/1‑51 (MQ=19) aTGGGCGATATGAATATAAGTCCTGGCGACCTGGATATTGGCATTGGCgaa  >  1:1289082/1‑51 (MQ=16)                                       |             ATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAA  >  W3110S.gb/1834586‑1834636

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑