Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,900,052	A→T	intergenic (+42/‑89)	sdaA → / → yoaD	L‑serine deaminase I/predicted phosphodiesterase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,900,052	0	A	T	100.0%	270.2 / NA	98	intergenic (+42/‑89)	sdaA/yoaD	L‑serine deaminase I/predicted phosphodiesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (98/0);  total (98/0)

GCGAATTTATACCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATATTCCCCACTACACTTCCACTGTTGC  >  W3110S.gb/1900042‑1900101           |                                                  gctaaTTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1220596/4‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTTTAATTTTCCCCACTACAATTcc          >  1:125202/1‑52 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTGATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:671210/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAatt                           >  1:1190470/1‑34 (MQ=38) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAAtttt                         >  1:81942/1‑37 (MQ=37) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTc                        >  1:314100/1‑38 (MQ=37) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCCCTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1207501/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACtt            >  1:810963/1‑50 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTg   >  1:454198/1‑59 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTg   >  1:443709/1‑59 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:672847/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:638840/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:645466/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:744327/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:681/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:6948/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:716999/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:514614/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:638531/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:632720/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:620555/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:591753/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:581796/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:553511/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:540539/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:531209/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:528225/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:516535/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:998040/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:887169/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1008036/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:986837/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:986448/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:984871/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:978287/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:972761/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:971600/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:951545/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:929276/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:922946/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:887623/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:781701/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:865387/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:865188/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:857788/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:843063/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:84109/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:836289/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:834760/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:829329/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:794476/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:789102/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1204941/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:509185/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1414827/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:133762/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:132154/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1295094/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1295050/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1272939/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1269106/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1236669/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1209587/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1205769/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1417066/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1198796/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1166370/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1164262/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1148830/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1125151/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1086338/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1081515/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1080431/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1059904/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:1030272/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:275378/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:50489/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:372919/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:33455/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:327578/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:322429/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:321434/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:317821/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:284422/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:278115/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:277294/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:141833/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:267144/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:250894/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:24686/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:218054/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:203046/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:194687/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:188086/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:172764/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:164387/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:148204/1‑60 (MQ=255) gCGAATTTATTCCCGCTTTCTCGTCTGCGGTAATTTTCCCCACTACACTTCCACTGTTGc  >  1:90018/1‑60 (MQ=255)           |                                                  GCGAATTTATACCCGCTTTCTCGTCTGCTGTAATATTCCCCACTACACTTCCACTGTTGC  >  W3110S.gb/1900042‑1900101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑