Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,076,588 A→T G971G (GGA→GGT)  flu → antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,076,5880AT100.0% 312.8 / NA 113G971G (GGA→GGT) fluantigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (113/0);  total (113/0)

Only 100 of 113 total aligned reads displayed.

GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGG  >  W3110S.gb/2076562‑2076623
                          |                                   
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCa               >  1:1437174/1‑49 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:514889/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:689539/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:676382/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:650552/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:625556/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:590387/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:572472/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:566975/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:559721/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:517022/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:699502/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:501808/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:448389/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:431890/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:425099/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:425030/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:423337/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:40602/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:390587/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:961070/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:373654/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:818142/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:930901/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:929802/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:911542/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:907354/1‑62 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:882233/1‑62 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:957993/1‑62 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:802362/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:795027/1‑62 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:1328275/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:365131/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCg   >  1:1006977/1‑61 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCg   >  1:1290227/1‑61 (MQ=255)
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gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGAACCTCCACCGCAGGCAGCgg  >  1:379719/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGAAATGCGTGTGGGGACCTCCACCgcaggca      >  1:289852/1‑58 (MQ=255)
                          |                                   
GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGG  >  W3110S.gb/2076562‑2076623

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑