| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,076,606 | T→C | T977T (ACT→ACC) | flu → | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,076,606 | 0 | T | C | 96.5% | 298.3 / ‑1.5 | 114 | T977T (ACT→ACC) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/4); new base C (110/0); total (110/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACA > W3110S.gb/2076562‑2076654 | gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTTGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:834026/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCa > 1:1437174/1‑49 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:425099/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:590387/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:918076/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:572472/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:566975/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:559721/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:517022/1‑62 (MQ=255)gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:514889/1‑62 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tGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGcaca < 1:1102155/62‑1 (MQ=255) gtgtGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGcaca < 1:1338805/59‑1 (MQ=255) | GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAATGGCACA > W3110S.gb/2076562‑2076654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |