Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,143,936	G→A	F139F (TTC→TTT)	dcd ←	2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,143,936	0	G	A	100.0%	179.5 / NA	65	F139F (TTC→TTT)	dcd	2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (65/0);  total (65/0)

TTGTAGAACTCCAGCACAATGCAACCAGACCAGCCCGGATCGATGCG  >  W3110S.gb/2143931‑2143977      |                                          ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGCCCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1411252/1‑47 (MQ=255) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCg       >  1:388976/1‑42 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGa      >  1:591973/1‑43 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGAtac   >  1:1277798/1‑44 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGAtac   >  1:632541/1‑44 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:515265/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:560382/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:551465/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:53579/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:522358/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:586022/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:484269/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:480351/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:463570/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:441902/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:396798/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:359431/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:315559/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:576030/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:585812/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:270805/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:601933/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:64598/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:770422/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:786078/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:789510/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:81620/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:846312/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:854993/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:861240/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:911936/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:948374/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:954749/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1292827/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1007829/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1020445/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1043901/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1100495/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:110831/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1138066/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1164127/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1180757/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1193889/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1208563/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1230794/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1234937/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1280894/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1291385/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:289572/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1303418/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1318592/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1326228/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1359278/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1399364/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1456296/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1460959/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:174826/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:193939/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:208097/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:215680/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:221162/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:225681/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:234332/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATCGATACg  >  1:1005289/1‑47 (MQ=38) ttGTAAAACTCCAGCACAATGCAGCCAGACCAGCCCGGATAGATACg  >  1:900393/1‑47 (MQ=37)      |                                          TTGTAGAACTCCAGCACAATGCAACCAGACCAGCCCGGATCGATGCG  >  W3110S.gb/2143931‑2143977

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑