Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,161,941	A→T	I473I (ATA→ATT)	mdtC →	multidrug efflux system, subunit C

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,161,941	0	A	T	100.0%	140.8 / NA	52	I473I (ATA→ATT)	mdtC	multidrug efflux system, subunit C
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (52/0);  total (52/0)

TGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTG  >  W3110S.gb/2161886‑2161947                                                        |       tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCgct   >  1:1001772/1‑59 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:634610/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:482651/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:501041/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:512895/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:532717/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:536877/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:567219/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:57759/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:588880/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:597215/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:608322/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:614442/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:630960/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:433432/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:657001/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:676416/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:712439/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:747664/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:783716/1‑62 (MQ=255) 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tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:156665/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:164644/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:225577/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:240431/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:248506/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:253582/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:333257/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:33466/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:339160/1‑62 (MQ=255) tGCCGGGTCGCCTGTTACGCGAGTTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATTTCGCTg  >  1:34038/1‑62 (MQ=255)                                                        |       TGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTG  >  W3110S.gb/2161886‑2161947

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑