| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,234,194 | C→T | G79G (GGC→GGT) | yohJ → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,234,194 | 0 | C | T | 90.3% | 252.1 / 11.2 | 113 | G79G (GGC→GGT) | yohJ | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/11); new base T (102/0); total (102/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCT > W3110S.gb/2234145‑2234223 | ggTGCTATGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:365194/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCTGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:948375/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGt > 1:729270/1‑58 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:1066230/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:1361528/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:676859/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:539967/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:185833/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:1206905/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:1198780/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:322606/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:27933/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCa > 1:1103627/1‑60 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:512485/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:301910/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:635030/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:962667/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:611943/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:594496/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:542193/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:411316/1‑61 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(MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:729980/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:725468/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:708716/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:676923/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:674193/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:658989/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:1220995/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:1346794/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:1335552/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:297415/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:1303077/1‑61 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(MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTCCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:860512/1‑61 (MQ=255)ggTGCTACGTACTGATTCGCTACATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGTGTAGGCGTCAt > 1:1318597/1‑61 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:630722/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:319646/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:25422/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:1308697/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:575357/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:427904/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:857883/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:1380652/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:1225698/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:536378/55‑1 (MQ=255) tGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCt < 1:744973/55‑1 (MQ=255) | GGTGCTACGTACTGATTCGCTATATGGCGCTATTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCT > W3110S.gb/2234145‑2234223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |