Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,320,617 C→T S40N (AGC→AAC)  rcsC ← hybrid sensory kinase in two‑component regulatory system with RcsB and YojN

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,320,6170CT100.0% 214.1 / NA 77S40N (AGC→AAC) rcsChybrid sensory kinase in two‑component regulatory system with RcsB and YojN
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/77);  total (0/77)

ACGATATCAATATGATTCTTGCTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGTTTT  >  W3110S.gb/2320596‑2320657
                     |                                        
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aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:530300/62‑1 (MQ=255)
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aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:563819/62‑1 (MQ=255)
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aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:432314/62‑1 (MQ=255)
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aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:1403476/62‑1 (MQ=255)
aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:1402953/62‑1 (MQ=255)
aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:1383782/62‑1 (MQ=255)
aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:1381864/62‑1 (MQ=255)
aCGATATCAATATGATTCTTGTTAAGTACATCAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:449684/62‑1 (MQ=255)
 ctatatCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:639900/59‑1 (MQ=255)
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      tCAATATGATTCTTGTTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:992378/56‑1 (MQ=255)
              aTTCTTGTTAAGTACATTAAGCGAATCGACGCCATCATTCGCGGtttt  <  1:617114/48‑1 (MQ=38)
                     |                                        
ACGATATCAATATGATTCTTGCTAAGTACATTAAGCGCATCGACGCCATCATTCGCGGTTTT  >  W3110S.gb/2320596‑2320657

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑