Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,320,767	G→T	intergenic (‑32/+38)	rcsC ← / ← insD	hybrid sensory kinase in two‑component regulatory system with RcsB and YojN/IS2 element protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,320,767	0	G	T	100.0%	98.3 / NA	37	intergenic (‑32/+38)	rcsC/insD	hybrid sensory kinase in two‑component regulatory system with RcsB and YojN/IS2 element protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (37/0);  total (37/0)

ATGATCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCGTTGAC  >  W3110S.gb/2320712‑2320772                                                        |      atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:515912/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:303391/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:324036/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:361196/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:416880/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:418448/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:499616/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:502483/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:503522/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:503813/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:219377/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:532825/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:536402/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:570182/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:705533/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:723114/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:725687/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:825379/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:94720/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1296106/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1040899/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1082622/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1084464/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1098476/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1114727/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1161901/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1187591/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1207274/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1033025/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1309900/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1349594/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1407119/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1437598/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1454709/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:164518/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:189157/1‑61 (MQ=255) atgatCATCCACGACCAGAATCATCATATAGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCTTTGAc  >  1:1341236/1‑61 (MQ=255)                                                        |      ATGATCATCCACGACCAGAATCATCATATCGTCATTATCGCTGACCGCTTTGTCCGTTGAC  >  W3110S.gb/2320712‑2320772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑