| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,383,780 | G→A | H50H (CAC→CAT) | menD ← | bifunctional 2‑oxoglutarate decarboxylase and SHCHC synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,383,780 | 0 | G | A | 93.0% | 271.9 / 5.6 | 114 | H50H (CAC→CAT) | menD | bifunctional 2‑oxoglutarate decarboxylase and SHCHC synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/8); new base A (106/0); total (106/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCC > W3110S.gb/2383745‑2383807 | gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:658003/62‑1 (MQ=255)gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:647764/62‑1 (MQ=255)gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:150901/62‑1 (MQ=255)gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:259628/62‑1 (MQ=255)gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:550965/62‑1 (MQ=255) ccAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:1352817/61‑1 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGAtgaat > 1:1197979/1‑37 (MQ=21) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCg > 1:1344033/1‑44 (MQ=25) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:587008/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:661284/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:632122/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:609913/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:609012/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:608374/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:598330/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:59676/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:596688/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:678286/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:557863/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:537707/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:501446/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:48311/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:48124/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:45991/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:437798/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:433741/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:426962/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:425901/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:892239/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:971856/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:969071/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:960438/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:943028/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:941934/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:92204/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:90916/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:90317/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:901820/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:899955/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:898488/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:674140/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:846490/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:821152/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:816328/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:813348/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:741025/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:737967/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:729282/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:723583/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:708957/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:696773/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:379422/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1238084/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1368044/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1366515/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1349001/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1347138/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1326247/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1298621/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1277376/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1271858/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1260896/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:125660/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1243585/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1376667/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1234693/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1230529/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1227015/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:12034/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1096868/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1095305/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1095188/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1092904/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1064297/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1062377/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1034240/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:235372/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:391526/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:320861/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:305581/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:305057/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:299840/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:286832/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:275502/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:258070/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:237095/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:404910/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:224974/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:213637/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:208601/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:207588/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:18668/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:180828/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:180582/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:173429/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1443231/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1429386/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc > 1:1385171/1‑56 (MQ=255) gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATCCTccgcc > 1:1033804/1‑56 (MQ=255) cTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc < 1:50596/42‑1 (MQ=255) | GCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCC > W3110S.gb/2383745‑2383807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |