Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,454,447	G→T	G132G (GGG→GGT)	yfcN →	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,454,447	0	G	T	93.8%	65.8 / ‑5.0	32	G132G (GGG→GGT)	yfcN	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/2);  new base T (0/30);  total (0/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TGTGTTTTGCGCCTGCGTGATGCATGGGCACGGGAAGCATATTTTGAAGCAACAAACACCGC  >  W3110S.gb/2454420‑2454481                            |                                   tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATTGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1412352/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1043425/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:980327/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:88918/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:868052/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:843496/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:78022/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:539653/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:473086/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:233481/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:144561/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1438267/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1401687/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1384330/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1040604/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1051692/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1064518/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1143482/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1187615/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1201624/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1211326/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1366760/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:138163/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1394885/62‑3 (MQ=255) tgtgTTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGGCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1435147/62‑3 (MQ=255)  gtgtTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:532607/61‑3 (MQ=255)  gtgtTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1181872/61‑3 (MQ=255)  gtgtTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:909900/61‑3 (MQ=255)  gtgtTTTGCGCCTGTGTGATGCATGGGCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1452368/61‑3 (MQ=255)            ccTGTGTGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:552633/51‑3 (MQ=255)                  tGATGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:1118440/45‑3 (MQ=255)                    aTGCATGGTCATGGTAAGCATATTTTGAAGCAGCAAACGccac  <  1:777963/43‑3 (MQ=19)                            |                                   TGTGTTTTGCGCCTGCGTGATGCATGGGCACGGGAAGCATATTTTGAAGCAACAAACACCGC  >  W3110S.gb/2454420‑2454481

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑