Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,589,431	G→A	intergenic (+67/‑472)	acrD → / → yffB	aminoglycoside/multidrug efflux system/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,589,431	0	G	A	100.0%	104.4 / NA	39	intergenic (+67/‑472)	acrD/yffB	aminoglycoside/multidrug efflux system/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (39/0);  total (39/0)

AAGAACCTGCTCAGCGGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAATTACT  >  W3110S.gb/2589416‑2589467                |                                     aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACtt                  >  1:1290100/1‑36 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGATttact  >  1:1038393/1‑52 (MQ=39) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:508880/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:352462/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:368922/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:415683/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:418116/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:423813/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:452492/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:457213/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:507913/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:204961/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:519971/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:644779/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:736011/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:789928/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:797694/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:941539/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:961753/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1151862/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1020584/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1034772/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1066892/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1094093/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1096663/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1137867/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1009019/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1309856/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1350444/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1441935/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1447435/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1453416/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:1466297/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:170041/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttact  >  1:199887/1‑52 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttac   >  1:480598/1‑51 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttac   >  1:621396/1‑51 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttac   >  1:770044/1‑51 (MQ=255) aaGAACCTGCTCAGCAGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAAttac   >  1:1065368/1‑51 (MQ=255)                |                                     AAGAACCTGCTCAGCGGGTTCTTGCTGTTTGTACTTTGTCTCAGGAATTACT  >  W3110S.gb/2589416‑2589467

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑