| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,637,492 | T→C | T150A (ACC→GCT) | yfgM ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,637,492 | 0 | T | C | 99.2% | 343.7 / ‑5.1 | 120 | T150A (ACC→GCT) | yfgM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (0/119); minor base A (0/1); total (0/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ACCACGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATGGTATCAAGGGT > W3110S.gb/2637445‑2637501 | accacGCAGGTCGGCGACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1050967/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCTCCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:302166/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAATGGt < 1:150940/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:401109/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:545692/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:524642/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:514793/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:501124/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:489184/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:487216/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:47238/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:467167/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:41298/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:411216/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:409569/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:556763/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:391743/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:370390/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:36900/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:361477/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:355169/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:331507/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:330639/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:323213/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:300996/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:746313/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:918669/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:918104/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:907115/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:88429/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:834291/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:811195/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:810539/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:794031/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:790376/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:774792/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:747631/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1033844/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:712619/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:701773/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:687731/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:683017/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:679300/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:662450/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:657993/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:587059/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:584045/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:571140/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1188097/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1365564/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1362851/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:299153/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1344284/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1317327/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1304117/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1279783/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1235585/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1235204/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:121649/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1204705/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:135787/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1185868/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1133302/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1128045/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1126905/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1092189/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1090889/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1087581/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1050142/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1043010/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1001898/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1412242/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:271076/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:264081/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:257056/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:253922/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:250966/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:231409/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:208855/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:18891/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:164651/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1472503/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1388792/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1422946/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1424432/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:142732/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGAATCAAGGGt < 1:206058/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATACCATCAAGGGt < 1:1319184/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGAAAGCATCAAGGGt < 1:204420/57‑1 (MQ=255)accacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTAGATAGCATCAAGGGt < 1:1062210/57‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGTCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:540744/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:721892/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:359526/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1105965/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:336407/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:461564/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:313826/56‑1 (MQ=255) ccacGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:676332/56‑1 (MQ=255) gCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:1325210/52‑1 (MQ=39) aaTGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATAGCATCAAGGGt < 1:232233/39‑1 (MQ=37) | ACCACGCAGGTCGGCAACAATGGCAGCCCACCCTTCACCTTTGATGGTATCAAGGGT > W3110S.gb/2637445‑2637501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |